独身・両親と同居、転勤後の住宅ローン控除について

数年前に新築で家を購入し、住宅ローンを組みました。
初年度の確定申告と、その後の年末調整は問題ありませんでしたが、
今年の４月、転勤で引っ越しをしました。当初短期の予定であり、住民票の移動をしていません。
自分は独身ですが両親と同居しており、家には転勤後も引き続き両親が住んでいます。

年末調整の折、会社から「転勤後の初回のみ、規則として確定申告をして控えを会社に提出せよ」という指示がありました。
所轄税務署に電話で質問したところ、「今回のケースでは住民票を添付した上で年末調整すれば良し」という回答でした。
しかし再度会社に確認したところ、「税務署の回答はそうであっても、規則として確定申告が必要」とのことでした。
再度税務署に質問したところ、「それなら給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書と住民票を持って確定申告」という回答でした。

いまいち税務署の担当の方が頼りない話し方で不安になったのですが、
"給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書"は年末調整用のみでなく、確定申告でも通用する書類なのでしょうか。
また、通常の様式で確定申告を行う場合、必要となる提出書類は初年度の確定申告時と同じもので良いのでしょうか。

確定申告の時期に仕事が忙しく、直接税務署に赴くことが難しそうなので郵送による提出になりそうで不安です。

特殊なケースかつ、面倒な内容の質問で申し訳ありません。
ご回答いただければ幸いです。宜しくお願い致します。