確認申請後の間取りの変更は軽微な変更になるか

はじめまして。東京多摩地域で建築設計に携わっている大沼と申します。
まっすん0707さまの場合、質問文からは、階段が伸びることによって建築面積や床面積が増えるか否かで、審査機関への対応が変わってきそうです。面積が変わらないなら軽微変更で済み、あとは先の方のお話の通りです。面積が少しでも増えるとなると計画変更確認申請が必要になります。計画変更確認申請の手続きとしては、既に下りている当初確認申請図書をベースに、変更部分を明記した図書を準備して申請します。審査期間は長くて35日間、空いていたり簡単な変更なら短くて済むと思います、手続き中は変更部に関わる工事は中断が必要。審査機関手数料は該当部面積分のみとなり、微増なら規定の最低額で済みましょう。
階段を伸ばすとなると、梁を一部下げるなどの構造的対応や、直下の天井高によっては間取りの見直しなど、手直しが廻りに波及しがちで、設計的にもあれこれ変更が必要と思われます。ハウスメーカーが渋るとしたら、審査機関への手続き手間だけでなく、設計変更も手間が掛かる、工事も延びて段取りが狂う、今後次々と変更要望が出て収拾がつかなくなるのを避けたい、などいろいろ理由は考えられます。もっとも最後の懸念については施主側も注意すべきことですが。
申請後は変更できないということはありません。今回はまず、階段を伸ばすことで面積が建築基準法的に増えるか否かをはっきりさせ、その上で時間と費用の増加をある程度想定しながら、粘り強く交渉されるとよいのではないでしょうか。
以上、多少なりともご参考になれば幸いです。

軽微な変更届について
高さの変更 高さが減少する場合
延床面積の変更 床面積が減る場合
壁の変更 間仕切り壁の変更
屋根、外壁、防火戸などの変更 (同等又はランクアップする場合）
窓やドアの位置や大きさの変更 窓やドアが大きくなる
天井高の変更 天井高2.1m以下にならない場合
手続きの労力や手間 届出表紙を記載し、変更された図面を提出する程度
手続きの時期 変更時点又は完成時にまとめて

費用についてかからない場合とかかる場合がある。（かかっても確認申請ほどではないです）

これ以外の上記の数字や面積の条件より大きくなる場合や広くなる場合の変更は再度確認申請が必要になってきます。

こういう事は知らない業者は多いと思います。面倒がる事や大規模建築の場合は修正にかなり費用がかかる場合などは避けるケースがあります。

また、このような手続きで変更が可能だということは知っているが、『出来ない』という口実をつけて、建築主に知らせない。あるいは変更を考えさせない、という場合もあります。