自サイトに、見知らぬクッキーが…！

少し前の話ですが、自分が運営してるサイトに、まったく身に覚えのないクッキー情報が登録されていたことがあります。
なぜそのようなことが起こったのか？
もしかして不正アクセスされたのか？
されたとしたら、どんな手法でクッキーを登録されたのか？
ずっと気になっておりました。
自サイトの安全性を計るために、この謎を解明したく、ご回答いただければと思います。

ちなみにそのサイトでは、CGI（Perl）を使ってて、その中でクッキーを登録しています。
しかしプログラムで登録したクッキーとは別に、まったく身に覚えのないクッキー情報も登録されていました。
その事実は、クッキー情報を表示するCGIプログラムを実行して、発覚しました。
そのとき登録されていたクッキーは、意味不明なアルファベットの羅列でした。
そんなクッキーを登録するようなプログラムコードは一切記述していないにもかかわらず…！です。

クッキーってのは、ブラウザの管理情報として、各ドメインごとに記憶されるものと認識しています。
たとえば自サイトのドメインが「http://www.myhomepage/」だとしたら、そのドメイン配下のCGIプログラムでしか、
そのドメインのクッキーを登録できないと認識しています。
ということは、「自分のサイト（あるいはそのドメイン）が直接攻撃された」としか、考えられません。
しかしCGIプログラムが改ざんされたような形跡はなかったので、どんな攻撃を受ければそのようなことになるのか、謎のままです。

現在は、CGIプログラムへの外部の不正アクセスを防ぐよう対策を施しましたが、しかしこの謎を解かないと、これで万全か不安が残ります。
何卒ご回答いただきますようお願いします。