裁量労働について

はじめまして、アップルコリラさん。社会保険労務士の小島です。
さて、ご質問の件に回答いたします。

まずは、残業代が未払いではないか、ということについてですが、裁量労働制を取っているのであれば、合法であり、未払いにはなりません。ただ、ご質問の本文からいくつか疑問があります。
１．本当に裁量労働制なのか？
裁量労働制は、労働時間を管理できないため、働いたものと「みなす」制度です。導入要件は厳しく、導入できる職種も限られていますので、フレックスとかではないか、確認してみてください。
２．タイムカードの操作はまずいです
タイムカードを操作するのは、「改ざん」であり、犯罪になります。これは要注意事項です。会社からそのような指示をすることはあまり考えられないため、上長の裁量でダメなことと知りつつ行われている可能性があります。このままでは、何かあったとき、会社にもダメージとなるため、早急な改善が必要ですね。
３．みなし時間は適切か？
３０時間残業とみなしていますが、実態とかけ離れているのなら、再度適正な時間を協定する必要があります。協定は、１日あたりのみなし時間を決めます。また、有効期間は１年であり、毎年見直すことになっています。

今回のことで、改ざんを指摘して反会社的な行動や言動をとりますと、会社から報復措置をとられ、ご主人様の地位を危なくする可能性もありますので、「相談する」という姿勢で会社に働きかけるのがよろしいかと思います。
大概、男性はあまり主張せず、耐えてしまうことが多いのです。旦那様の体が何より心配ですから、奥様からは冷静であり、なおかつ適切なアドバイスをしてあげて下さい。

以上