是非、問題を乗り越えCMSをご活用下さい

CMSにもいろいろあります。
HTMLを生成するタイプであればMovableTypeでしょうか?

CMSのほとんどは、投稿された記事をDBに登録し、DBのデータを元にTemplateでHTMLを生成します。

>特に致命的なものとして
>「DOCTYPE宣言に指定されているシステム識別子が正しくありません」
これはTemplateに問題があると思います。
自社でテンプレートに手を加えているなら、確認してください。

>「div> の class の属性値に空の値を指定することはできません」
>「<td> の align の属性値 `middle` は正しくありません。
こちらは、あくまでも想像ですが、記事投稿時にDIVやTableを記述しているなら、記述不足や記述ミスが起因していると思います。
一度、投稿された記事内にDIVやTABLEを記述している部分をチェックしてみてください。

W3Cの文法ですが、アクセシビリティ、ユーザービリティを考慮したチェック要素で減点されるケースがあります。
一概に言えませんが、適正化することは内部SEO対策につながるので、決して無駄にはならないはずです。

クロスブラウザーの問題は、大半はCSSで対処できます。
CMSであれば、CSSを必ず使っていると思いますので、手間はかかりますが対処すべきです。

ただ、CMSのテンプレートで適切なHTMLを生成するスキルは、個別HTMLよりはるかに難しいので、宣伝のようですが専門業者に依頼するのが得策です。

仮に、現在業者様から提供されたCMS環境やTemplateをご利用であれば、営業妨害かも知れませんが、是非、業者の変更をご検討ください。
CMSは多くのメリットをもった企業ホームページ公開ツールです。
適正な環境で適正なコンテンツを配信し、販売拡大やビジネスのブレイクスルーはかってください。