原因取り除いても、少し残るかも

パルティータ建築工房の森岡と申します。

1冊ではどうということのない本ですが、まとまるととても重いものです。
本がぎっしり詰まった本棚は、普通の住宅の収納物で最も重い物(単位面積当たり)で、住宅の設計用荷重の何倍にもなることがあります。
詳しくは、以前のQ&Aを参照下さい。

2階に荷重オーバーの本棚を設置する場合、下の階が壁であれば余り問題ないのですが、壁がない場合、床を受ける梁がたわみ、大きな変形を起こすことがあります。
天井が下がる変形は、目で見てもわからないかもしれませんが、扉や窓が開けにくくなります。

本棚を1階に移動とのお話しですので、変形の原因は取り除かれました。
梁はほぼ元に戻ると思いますが、少し変形が残るかもしれません。
小梁-大梁-柱の接合部分も動いている可能性があり、その場合は変形が残るので、本棚を下ろしても、完全に元に戻らないかもしれません。

木材はとてもフレキシブルな材料で、少々大きな荷重を与え、変形しても、荷重を外した後、強度上大きな問題はないと思われます。

ご指摘のように、開きにくい内部扉は当たる部分を少し切りつめます。
窓サッシもある程度は調整(戸車、枠の受けなど)する事ができます。調整の限度を超えていれば、サッシ枠をいじる必要になるかもしれません。
あと、内壁や外壁にクラック(きれつ)は入っていないでしょうか。

これら含め、一度信頼できそうな工務店などに見てもらったらいかがでしょうか。

参考にしていただけたでしょうか。