税務調査では正しい所得計算を行うため行われます。

nouzeiMailingさん　はじめまして
税理士の柴田博壽と申します。
調査予告を受け、進んで期限後申告（無申告の場合）、修正申告（確定申告内容を是正する場合）を提出しても延滞税が免除されませんし、また無申告加算税（又は過少申告課加算税等）の全額が免除されるとは限りません。
また、調査日を待たずして期限後申告をした場合であっても調査が行われる場合があります。
例えば、所得の類が、事業所得のみで実際の所得金額が300万円であったところ、申告した所得金額が100万円であれば、単純に所得金額に200万円を加算して修正申告書を作成する作業はさほど難しくないと思われます。
しかし、年末調整を行った給与収入の他に事業所得があったという人は、本来確定申告が必要であったわけです。
ところが、給与所得は、年末調整よって精算済みと考え、事業所得のみを確定申告（又は期限後申告）をするということは片手落ちとなります。この場合は、必ず調査が行われるといってよいでしょう。
問題点がいくつかあるからです。まず、給与所得も事業所得も総合課税ですから、所得金額を合計する必要があります。そして所得税は、所得金額が増加するとより高い税率が適用されることになります。そうしますと事業所得のみの確定申告書を作成した場合、低い税率が適用となり正答ではないものとなってしまいます。
また年末調整も確定申告を行ったときと同様の効果があります。
つまり、基礎控除、配偶者控除、扶養控除並びに社会保険料などを控除して税額計算を行っているのです。このとき、事業所得のみを切り離して確定申告書を作成すると基礎控除以下の所得控除額を重複して控除され、結果は不正当なものとなります。
場合によって、信頼のおける税理士に調査立合依頼して対応する方法も考えられますが、税務調査ではあくまで正しい計算を行うことが目的で行われます。調査官の指示によって行動した方が、独りよがりでもがくより支出が最も少ない場合もあります。
質問を受け、主張したいことは、主張することで納得して、期限後申告の提出を行うなり、納税をする方が賢明という場合もあります。
ご参考になれば幸いです。