珍しいケースですね！

はじめまして！moveの道上と申します。
リフォーム後の床鳴りとウォーターハンマーですね。私のイメージ的には大手メーカーのリフォームは　一般的に割高ではあるが　クオリティーの安定した施工が多いと思っていましたが　今回のご相談内容的には　クオリティーが低いですよね〜。今回のケースは　誰でもが確認できるクレームであると思いますし、せっかく割高でも将来安心なバックボーンのある住宅メーカーさんに施工を依頼したのですから
徹底的に直してもらうべきじゃないですか！
なぜ床鳴りをしているかという原因にもよりますが　多くの場合下地である根太が動いて鳴ります。乾燥が不十分な材木を使い　釘で施工するとすぐ床鳴りが発生します。ウォーターハンマーは給水配管の固定が不十分な場所があったんでしょうね！これは　今回の施工場所付近で発生しているのであれば　案外修理しやすいでしょうが　たまたま給水をつないだ配管が施工場所から遠い場所で鳴ることもありますし　その場合は別の配管から給水を取り直す事になるでしょうね〜。
どちらにしても　担当者ベースではなかなか話は進まないでしょうから　依頼されたメーカーのお客様相談室などに連絡を取り　メーカーの信頼をかけたお仕事をしてもらうのが　一番早い解決になると思いますよ。ちょっと　嫌らしい話になってしまいますがりみちさんは被害者なんですから　何も気を遣う必要は無いと思いますよ。
思いもよらぬ　こういう話はお疲れになるでしょうし　早く解決すればいいですね！　あと少しがんばってくださいね！では・・・。