株式会社代表取締役死去による許可廃止申請について

ご質問ありがとうございます。
法務コンシェルジュ　Gaku Nakai Office代表の中井といいます。

ご質問を要しますと、
(１)御社が借りたい土地を借りていた会社「仮にＡ社」の代表者が死去した。
(２)Ａ社は、当該土地で自動車解体業（許認可事業）を営んでいた。
(３)Ａ社は、代表者が死去したので、実質的に休眠状態にある。
(４)Ａ社が休眠状態にあるので、大家に家賃を滞納している。
(５)御社は、なんとかしてＡ社を当該土地から退去させて、同地で何らかの許認可事業を行うため、支店を設置したい。
という事でしょうか？

上記の整理で正しいとすると、Ａ社の事業にとっても、大家とＡ社との土地・建物の賃貸借契約にとっても、利害関係のない全くの第三者であるといえます。
そこで、同地を御社が使用できる可能性を考えますと、まず、Ａ社に従業員がいる場合は、当該従業員を同社の代表者として登記変更してもらうと同時に廃業届を提出してもらい、更に解散決議を行い、更に清算手続きの為、管財人を任命して清算結了するまで、債権債務を整理しなければなりません。
もし、従業員がいない場合は、代表者の相続人が、廃業届を提出するとともに、上記同様解散ー清算手続きを行なう必要があります。Ａ社の代表者が孤立無援の場合は、裁判所に職権で清算手続きを行うための判決を得る必要があり、それなりに費用がかかります。
したがって、とりあえず、従業員または死去した代表者の相続人等関係者を探すことが第１歩であろうと存じます。

ところで、そもそも、大家が第一の債権者であり、自動車解体業を行っていたのなら、機械や機材のリース料その他の費用についても債権者がいるはずですので、これらの債権債務の整理を含め他人の為に膨大な時間と労力を費やす必要があります。

このような関係性を勘案しますと、当該土地・建物に固執せず、別の物件を探されるのが賢明と存じます。