設計者、監理建築士への確認が必要です

住まいのe-相談室　建築士の伊藤です。
ご質問の内容を見ると、打ち合わせと違う出来上がりになっていたということですね。
新築工事では監理者として建築士が携わっているので通常ではこのような大きな問題が起こらないハズです。
ご質問への回答を以下に述べます。

1.屋根のはつり工事は大丈夫なのか。
　適切な方法で施工すればコンクリートの補修は可能です。
　しかし今回はコンクリートをはつって天井を高くするということなので当然鉄筋を切断して組みなおす
　必要があり簡単に行うことは難しいと考えます。鉄筋には定着長さというものが決められておりプチッと
　切ってそこで継ぐというわけにいきません。天井高さを変更しなければならないところより大きくコンク
　リートをはつることになります。
　また梁や柱などとの位置関係も十分検討して補修する必要がでてきます。
　工務店だけでなく設計者、工事監理者なども補修工事に参加してもらうようにしてください。

2.覚書について
　覚書は必ず必要です。
　このようなケースでは問題が発生した原因、図面を作成し補修方法（仕様）、補修範囲を明確にした上で
　今後の補償対応まで書面にしておくことをお勧めします。
　第三者保証を受けている場合は、保証者への事前確認をしておくことも必要となります。

3.第三者のチェック
　すでに工務店への信頼が低下しているとのことですから、補修中の確認は第三者に頼まれる方が安心して
　工事期間中過ごすことができると考えます。
　第三者の建築士にかかる費用は、事前に工務店に負担してもらうよう覚書に明記してもらいましょう。