どちらにしても金融機関は渋ると思います

　ご質問の内容から汲み取れる範囲、及び他の回答者と重複する部分については割愛して回答いたします。

　まず、後腐れの無いようにしたいのであれば、共有状態の維持はお奨めしません。

　その理由の主なものは次の２つです。
　　１．共有である限り、その土地の処分については双方の合意が必要なこと、
　　２．その土地の保存行為（賃貸借契約の解除等）は
　　　　その持分の大小で決まるため、３分の１では決定権が無い。

　また、妻の希望である「連帯保証（人的保証）」、「根抵当権（物的保証）」から外れることは、
根抵当権の対象となる担保価値が大きく下落することから、
共有状態を維持したとしても、金融機関は受け入れないでしょう。

　また、建物の名義を妻に変更し抵当権をはずすといったことも、
担保物権の再評価、法定地上権の検討、融資の再稟議など、
大変煩雑な手続きとなり、担保割れなどのリスクから、
これも金融機関が首を縦に振るとは思いにくいですね。

　土地の分筆にしても同様で、接道・形状による鑑定評価の減額など、
これも金融機関が渋ることになるでしょう。最悪の場合は貸はがしもありえます。

　理屈上は、持分のみの根抵当権設定や抵当権実行は可能とはいえ、
現実にそのような競売をまともな人間が受けるとは思えないので、
どちらの希望も無理があるように見えます。

　最後に、長男の生前贈与を受けるという案も、
その間中ずっと会社の経営リスクを負担し続けることになり、
あまり得策とも思えません。
　１００坪の土地の持分３分の２の生前贈与を、相続税のかからない範囲において行うのに何年かかるかの試算も必要でしょう。

　共有のままでは、将来お金が必要なときに売却すら出来ないことも、念頭に入れておく必要もあります。


　多少見た目の額は目減りするように見えても「後腐れが無い」という部分においては、
金銭による清算がもっとも後腐れが無く、夫の会社の経営リスクの影響を受けにくいといえるでしょう。