賃貸アパート退去について教えてください。

お世話になります。
８ヶ月程度住んだ物件からこのたび引っ越すことになりました。
よく退去時に修繕費用のトラブルなど聞き、不安になりましたので、質問させて下さい。

まず、契約の際に初期費用として支払いをした内訳です。（１日付けで契約しております）
家賃・・・・・当月１ヶ月分
共益費・・・・当月１ヶ月分
駐車場・・・・当月１ヶ月分
入居保証金・・家賃３．５ヶ月分
退去引・・・・上記入居保証金の９割
鍵代・・・・・１００００円
町費・・・・・５００円
消費税・・・・９００円
室内消毒・・・１５７５０円
手数料・・・・７３５００円

重要事項説明書には、、、
入居保証金は退去引による清算（借主の未納債務、故意、過失による貸室の汚損・破損等ある場合は別途借主負担）となります。
とあります。
退去引が返還されない事は説明があり納得しています。
が、退去引の金額から修理修繕費用は充当されないのでしょうか？
契約書の中に賃借人の日常使用及び退去による修理費の負担範囲が記入されており、（例：畳は表替え１室単位）故意・過失でなくても退去引から充当される事無く、追加で支払いをしなければならないのでしょうか？
ならば退去引は一体何に使用される金額なのでしょうか？
ちなみに私が入居した際はクッションフロアに家具設置跡のへこみがありましたので、張替えはしていないと思われます。

長文になり失礼しました、回答お待ちしております。
よろしくお願い致します。