自宅の性能を知ると云う事では意味がありますが・・・

大阪で設計事務所をしています。

性能評価の申請は、不慣れな設計者が行うと、書かれている通りの期間が相当かと思いますが、手馴れている設計者でしたら、一週間も掛からず申請できます。検査機関も当日審査当日評価を宣伝文句にしている検査機関もあります。長期優良住宅も同様です。再度工務店さんにご相談されては如何でしょう。

竣工までの間なら受付可能と云う事ですが、既存住宅としての評価しか受けられないのではないでしょうか？
本来設計評価は、建築主が指定する等級を満足させる為に設計図書を作成して、その設計図書が間違いなく指定された性能を満足しているか確認する為の申請が設計評価です。
ですので、仮に満足していなければ、満足する様に設計図書を変更する場合も有り得ます。
しかし、既に建築工事が始まっていて、後戻りが出来ない時期まで工事が進んでいたら、等級を満たすため、設計図書を変更したところで、建物に変更内容を反映させることが出来ません。
具体的に云えば、耐震等級３を希望していたのに、工事途中で申請した結果、基礎の設計に不備があって、耐震等級が１しか取れない場合もあるのです。耐震等級３を取る為には工事前に設計評価の申請をして、申請の結果耐震等級３を満足する設計図書になっていて、初めて耐震等級３の家を建てることが出来るのです。
設計評価を下ろさない家に比べ、現状の家の性能を知るには役に立ちますが、希望の等級を得た家になるとは限りません。

建築基準法の確認申請は、建築の最低限の基準を定めた法律です。4年以内に阪神大震災と同規模の地震が発生する確率が70％ある東京で、最低限の基準だけで新築に臨むには少々勇気が必要です。是非とも性能評価を受けられてから、建築工事に臨む事をお勧めします。