給与の申告について、教えて下さい。

まずはじめに、上記のmegacchi様のお話だけでは、大まかな部分しかお伝えできませんので、その点はご了承頂けたらと思います。

megacchi様の旦那様は会社を退職し、新たに“個人事業主”となりますので"個人事業主"として「開業」をする手続きをとらなくてはいけません。
手続きは2つです。
1.megacchi様のお住まいの住所を管轄している税務署へ、「個人事業の開業届出」を提出します。このとき青色申告を希望される場合は「所得税の青色申告承認申請手続き」の届出も一緒に提出します。そのほかmegacchi様の旦那様のお仕事の業種によって、またmegacchi様ご本人にお給料を支給して働いて頂く場合等の状況によっては、追加で届出を提出して頂かなくてはいけません。
(届出関係:http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/mokuji.htm
おもに5.10.13.18.19あたりが必要になってくるかと思われます。

2.megacchi様のお住まいの住所を管轄している都道府県税事務所へ「個人事業の開業届出」を提出します。
megacchi様の旦那様の場合、H21年度からは確定申告を行って頂くことになります。
(2月までは給与・3月からは委託報酬しかもらっていないことを前提とします)
H21年度の場合は、給与所得(会社から退職の際にもらった「源泉徴収票」の金額です)と事業所得(3月から12月までの委託報酬から、この業務にかかった費用+青色申告承認申請手続きをした場合は65万円を差し引いた金額)を合算した金額を申告することになります。申告書は毎年3月15日までに、お住まいの住所を管轄している税務署に提出するだけで大丈夫です。

以上がご不明な点かと思いますが、新たに開業をされるということで、追加の届出の必要性や帳簿の付け方など、ご心配なことが多いかと思います。
まずは「個人事業の開業届出」を作成し、管轄の税務署に一度足を運んでみてはいかがでしょうか。