法人の日本支店の確定申告について

日本国内に本店がある普通法人であれば「居住者」として国内外の取引に対して課税されますが、外国法人の日本支店は「非居住者」にあたりますので、国内源泉所得(日本国内での取引)のみ課税されます。したがって、「日本支店の日本国内での取引」について確定申告が必要です。

国内源泉所得の例についてはこちらをご参照ください。
国内源泉所得の範囲

なお納税地(納税の基準となる場所)は「支店の所在地」になります。
(新宿区に支店があれば新宿税務署に申告です)

海外で申告する場合の領収証の扱いですが、外貨表示(たとえば円)なので認められないということはなく、外貨換算額(たとえば豪ドル)がわかればその金額にて支出額を特定し、その金額を申告に用います。日本で申告するときに外貨表示(たとえば豪ドル)の領収証があっても、円換算額がわかれば円貨での支出額が特定できるので申告上問題にならないのですが、その逆のケースにあたります。

外国企業の日本進出につきまして、このあたりにも詳しいのでご参照ください。
外国企業の日本進出 -対日投資情報-

支店として事業所を開設する場合でも、法人設立(子会社)の場合でも日本の法人税法にのっとって確定申告する場合があります。基本的には日本の法人と同じ取り扱いになりますが、一部国対国の取り決め(租税条約)がありますので、ご確認ください。
支払対価の領収書は、どの国の言語表示であっても証明になります。ただ、海外本社の経費として計上する場合は、為替の換算日に注意が必要です。