株式投資の確定申告

株式の売却による損失は、残念ながら給与とは相殺できません。もっとも、mumu様は住宅ローン控除を受けてすでに所得税が全額還付されているとのことですので、株式の売却損を申告しても、税金が返ってくることはありません。
しかし、上場株式等の売却損であれば確定申告をすることによって、その損失を翌年以降３年間繰り越すことができます。
この損失は翌年以降３年間の株式の売却益と相殺することができますので、申告する価値はあると思います。
仮に「源泉徴収あり特定口座」での株式売却損であっても、損失を繰り越すためには確定申告が必要となります。

木下税理士のご回答のとおり、昨年度分の確定申告では''所得税は戻ってきません''が、それでも（上場株式等の売却損であれば）確定申告することをお勧めします。

すなわち、昨年度分の確定申告をしておくことで、''翌年以降（３年間）の売却益と相殺''することが可能になります。昨年度分の確定申告では戻ってきませんが、仮に本年度、上場株式等((上場株式等には、上場株式以外に店頭登録株式、上場新株予約権付社債（いわゆる転換社債など）、ＥＴＦ、Ｊ−ＲＥＩＴ、公募株式投資信託、外国株式・外国株式投資信託などを含みます))の売却益が５万円以上になったら、本年度分の確定申告をして、所得税３，５００円（＝５万円ｘ７％）住民税１，５００円（＝５万円ｘ３％）少なくすることができます。

次に、現在、特定口座（源泉徴収なし）を選択されていますね。
これに対して、特定口座（源泉徴収あり）のメリットのひとつに「専業主婦やパート収入が103万円以下のＯＬの場合、''上場株式等の売却益がいくらあっても''配偶者控除の適用が受けられる」ことがあります。mumuさんの給与所得が高い場合は関係ありませんが、もしこの条件にあてはまる場合は、特定口座（源泉徴収あり）への変更もご検討ください。