多少ご質問の趣旨とは異なりますが

建築(ここでは住宅と限定しますが)は夢を現実のものにすることのひとつです。
あなたの生き方に合った、心地よい空間の創造でなければなりません。
そのためには、あなたの思いをくみ取り、理解して、あなたのためのカタチを創れる専門家に出会うことです。
くみ取るというのは、あなたの思いを聞き取るだけでなく、専門家としてあなたの中に潜む思いをも引き出すことができるという意味で使っています。
建築士事務所であれ、工務店に勤める建築士であれ、工務店のオヤジでもいいのです。
もしも意気投合できるオヤジに出会い、そこに思いを図面にできる設計士がいて、思いをカタチにできる大工がいれば、それはあなたがラッキーでその面の費用は確かに節約できるでしょう。それだけのことです。
施主+建築士vs工務店はやめましょう。施主を含め、設計士、工務店、そしてそれぞれの専門職みんながあなたの夢実現のためのプロジェクトチームとして、同じ方向を向いて力を尽くすのです。
企業とはいえ、ヒトの夢実現のものづくりをする我々が、利益の大小や出処を基準に仕事をするような夢のない発想はしたくありません。そういうところもあり得るので注意は必要でしょうが。

また設計料を見積計上されていないのは(すればいいと思いますが)、サービスなのではなく、社内で処理できるために経費に含まれていると考えるべきでしょう。
ちなみに私は、見積明細は支払い予定額をそのまま上げ、こちらの経費は経費として項目をあげて計上するようにしています。施主の目の前で価格交渉もできますし、追加変更の差額提示もクリアになりいいと思っています、が未だ試行錯誤中です。