通常は一致するはずですが

こんにちは。
給料がお勤め先1か所である前提であれば、本人に交付する源泉徴収票と、市区町村役所へ送付する「給与支払報告書」は、ワンライティングで同じ内容になるはずです。
1月までにお勤め先からは源泉徴収票が交付されているはずですが、その源泉徴収票と、市区町村役所へ提出された「給与支払報告書」の内容が一致しないということでしょうか?
これは通常あり得ないことです。
たとえば控除証明書の提出が遅れたため、年末調整をやり直すようなことがありますが、その場合には支払金額は影響がないので相違しません。
あと、中途就職の場合には、前の職場で支給された給与を合算して源泉徴収票を記載する場合がありますが、本人交付用と市区町村役所提出分は、一致するはずです。
実際の支給額、つまり、毎月の給与明細を集計した金額と、市区町村役所へ提出された「給与支払報告書」の支払金額が一致しないということでしょうか。
いずれの場合でも、経理的な間違いはあまり考えられませんが。
実際の支給額よりも市区町村への提出の支払金額が多いということは、通常はないと思いますが、雇用主が搾取、しているケースも極めてまれですが、ないとは言えません。
事実関係を正確に教えてください。
あと、お勤め先へ確認すべきと思いますが、必ずしも不正行為とは断定できないので、まずはやんわりと普通に尋ねることがよろしいと思います。