基本は修正申告を自主的に出すことだと思います

こんにちは。
かなりの金額の申告漏れ、となるようですね。
脱税行為が、社長さんが無関係で、経理担当者単独の行為の結果であるならば、当然ながら申告漏れの所得があるわけですので、修正申告などを提出し、納税する必要はあるでしょう。
脱税というのは、意図的な行為ですので、先ほどの前提であれば、会社自体は意図的に脱税をしていたのではなく、むしろ、従業員に不正に横領着服された被害者です。
従業員に横領着服されたことについては、通常は懲戒免職にしたうえで、横領着服行為について刑事告発しますね。そうしないと、会社が「被害者」であることにならない可能性があります。
従業員が単独で横領着服していた場合については、そのことを見抜けなかったということはありますが、会社としての意図的な脱税行為ではないので「重加算税」は賦課されずに済む可能性が高いです。
修正申告をして納税するお金は、当然法人税の納税ということですので、一義的には会社が納税義務があります。
従業員に対して、横領着服したお金は、告発の上、民事で返還請求を行い、返してもらうアクションを起こすことになります。
税務署に税務調査してもらう、ということについては、すぐにやってくれるかわかりません。
基本的には税理士さんに整理してもらって修正申告をいったん出すことだと思います。
自主的な修正申告であれば、加算税は課されませんので、ノンペナルティで済むので、安易に税務調査を願い出ることはあまり得策ではないと思います。
取り急ぎお答えしましたが、ご不明な点は再度お聞きください。