別々に棚卸したほうがいいですよ

事業を開業されようとしていられるのですね。
頑張って下さい。
成功されることを願っております。

さて、棚卸しについてのご質問ですが、
原材料は原材料で、在庫は在庫で、
それぞれ棚卸をされた方がいいですね。

棚卸する原材料や商品が多くなってくると、
個別にこの商品がいくらで仕入れたものか、いくらで作ったものか、
判断しきれなくなる可能性がありますから、
税法で認められている(というよりも棚卸の評価方法についての
届出を出さなければこの方法になりますが)最終原価仕入法を
使われるのがいいでしょう。

つまり、一番最後に仕入れたときの原価で、
棚卸の評価を行うという方法です。

この生地は最後の仕入単価がいくらだったのか、当然分かりますよね。

単価の違う棚卸商品ごとに棚卸表を作って頂いて、
最後に仕入れたとき(在庫の場合には製造単価)の単価に
残っている量をかけてあげれば、棚卸の金額がでるというわけです。

高級品やオーダーメード品を作成されるのであれば、
在庫については最終原価仕入法ではなく、
個別法(この商品はいくらと明確にわかるやり方、貴金属業では一般的)
を用いられるのがいいかもしれません。

これから事業を始められるとのことですので、
事業開始直前までには、(出来れば店舗の契約の前には)、
税務署に事業開始届とともに、青色申告の届出や棚卸資産評価の届出等
必要な手続をしておくのがベターです。

少なくとも、事業を開始してから2ヵ月後までには届出を完了して下さい。

分からなければ、税務署でも書き方は教えてくれます。
(ただ、来年の場合、2月2日から3月16日までは、確定申告相談のため、
対応し切れない可能性はあります。)
また、税理士にお頼みするのもありですね。

事業を大きくしたいと思われるのであれば、
経営相談にものって頂ける先生をお探しになるのをオススメします。
銀行や保険会社から紹介して頂けることも多いですから、
ご検討されてはいかがですか?