サブドメインでの運用でもいいと思います。

はじめまして。仙台でWEBシステム開発を行っているマッドスキッパーの荻野と申します。

メインのサイトとサブのサイトが現状は全くの別ドメインで運用されているのでしょうか?
双方のサイトをリニューアルする際に、サブのサイトをサブドメインのサイトとして運用すべきかどうかという点にターゲットを絞って回答させていただきますと
検索エンジン対策という点では、今のままでもサブドメイン化しても効果はさほど変わらないかと思います。
サブドメインとは言え、検索エンジンから見れば別ドメインと変わらないようです。様々なブログサービスでも、全てのアカウントをサブドメインで運用している点から見ても、そのように判断して差し支えないと思います。
ただ一つ、サブのサイトのドメインを変更してしまった場合には、今までもらっていた被リンクの殆ど全てを捨てる事にも繋がりますのし、検索エンジンからは新規のドメインのように扱われますから、
今まで積み上げてきた実績のようなものを全て捨ててしまう事になります。

人間に対しての効果としては、ある程度の知識のあるユーザーからはサブドメインである事から、同じ事業所で運用してるサイトである事を理解してもらえますので、プラス要素になるであろうと考えます。

ドメインのブランド化という考え方をすれば、サブドメインに移行すべきでしょうし
現在のサブサイトの順位を保持したい場合には変更せずに運用すべきでしょう。
しかし、豊富な情報量できちんと造り込んだサイトであれば自然と上位に来るようになります。


但し、旧サイトから新サイトへの誘導の際に自動転送などを行うとSEOスパムとみなされる可能性がありますので、ご注意下さい。