現実的に回答します。

◆一度彼の自宅に泊まった際に関係は持ってしまいましたが、その後も泊まりに行った際は行為は行いませんでした。
※どうして最初だけだったのかよく考えてみてください。

◆その後、年末休みの際に突然連絡が取れなくなり、LINEしましたが未読放置されました。(その後既読になりました)
※エッチも最初だけで既読がつかなくなる…興味がなくなったと解釈したほうがいいですね。

◆共通の女の友人が職場にいたため、知っているか聞いてみたところ、彼女と長くセフレの関係にあることが発覚しました…すぐに聞いてみたところ、否定できないから、罪悪感で会いたくなかった！
※聞いたら大体そのような回答しかできませんからね。

◆と言われ、今のところどちらにも恋愛感情は持っておらず、会わない方がいいと思っていたと言われ、また連絡が取れなくなってしまいました。
※会わない方がいいと思っていたのではなく、会わなくても良いくらいの興味だったと解釈してください。

◆その後、別の友人から彼がセフレとの関係を断ったと言われました。また、私に関してはわがままだと言っていたと言われました。
※本人に言えない本音を友人に話したのですね。

◆未だ送ったLINEは既読になりません。
※連絡を取りたいと思ってくれてないようですね。

◆セフレの件も問いただしたり、怒ったりはしていません。
※共通の友人から情報を収集し入手した情報をもとに彼に確認したと言う行為が彼に恐怖心を与えたのでしょう。

◆ショックな気持ちと、それでも好きだと思ってるとは伝えました。
※LINEが既読にならないのにどうやって伝えたのですか？

◆彼の気持ちが見えません。
※現時点であなたに興味を持っていません。

◆セフレとの関係を断った彼の気持ちもわかりません…
※事実確認が取れないので本当に関係を断ったかどうかはわからないと思っていた方がいいです。

◆彼とまた会えるようになりたいです。
※所見に続く


【所見】
泊りに行ってエッチをする…とても自然な流れですが、前回エッチした人の家に泊りに行ってエッチをしないのは自然ではありません。
彼はエッチが合わなかった、またはエッチすることで何らかの不都合が生じると感じたのだと思います。
それは彼が積極的に連絡を取らない事で明らかですが、わがままだと感じていたことやセフレの事を確認されたことなどが影響しているのです。

これらの状況を踏まえて再度会えるようにするのはなかなか難しいですが、幸い共通の友人がいるようなので頭を下げて一肌脱いでもらいましょう。
食事でも飲みでもいいので何とか会う段取りを取ってそこで楽しく過ごせるように頑張ってあなたの良い所をアピールしてください。
そこで見初められればまた会えるようになる可能性が与えられます。