回答させていただきます。

はじめまして。
不動産コンサルティング会社、アドキャストの藤森と申します。

ご質問の文面から、hukuさん様が契約した土地の契約書・重要事項説明書には、
越境の有無についての記載のみで越境解消についての対応が記載されていなかったということを前提に回答させていただきます。

まず、「問題のクリア」についてですが、この解釈については金融機関によってまちまちかと思います。
金融機関の越境物件についての対応は、大きく3種類に分けられると思います。
1.越境（その内容にもよりますが。）をあまり重要視しない金融機関
2.越境があっても、覚書などの将来的な越境解消の合意がなされていれば融資をしてくれる金融機関
3.越境の存在自体がＮＧとして、どうしても融資をしてくれない金融機関
※ご注意　金融機関は購入予定物件の資産価値だけでなく、融資を受けるご本人様の属性（年齢・職業・勤務年数・年収・頭金の割合など）も考慮のうえで、融資の可否の判断をしますので、上記の3種類はあくまでも購入予定物件についての判断基準の参考となり、これだけで融資の可否が判断されるものではありません。

私の経験から送電線の越境解消は容易かと思いますが、隣地のカーポートは今すぐに越境解消とはいかないと思いますので、
融資の可否に関わらず、越境解消の覚書などの取得は最低限しておかなくてはならないかと思います。

文中の『越境問題についてクリアになっていないと保証会社がローンの承認をしてくれないと思われます』と回答があった金融機関は
越境についてシビアな対応が考えられますので、越境解消についての具体的な方策が示されないと融資は難しいのではないかと思います。
測量に２～３カ月掛かるということは、隣地の方と境界線を確定させたうえでの測量と思慮されますので、正確な越境の確認についてはこれからなのでしょうか？

不動産屋さんが測量完了を待って隣地の方とお話しするとのことですが、このタイミングだと、他の金融機関から融資を受ける場合にも、
同様の回答となる可能性があります。
出来得れば、不動産屋さんに依頼して、測量完了の前（ローン承認の期限日前までに。）に『測量の結果、越境していた場合には解消する』旨の覚書などを取得することをご提案いたします。

なお、ローン承認日（期限日でしょうか？）は、売主側との合意があれば延期も可能ですが、売主側がいつまで期日を延ばしてくれるかは分かりません。

以上、ご参考になりましたでしょうか。

アドキャスト:http://ad-cast.co.jp/　 藤森哲也