死亡時に土地を明け渡す旨の合意が借地法１１条に反しないか

まず、念書は、契約書ではないため、無効ということはありません。本人の意思が、きちんと示されているのであれば、有効です。

そのうえで、「2.借地に関しては本人の代までとする。」との合意が、借地法１１条に反しないかが問題となります。
この点、最高裁三小判昭和４４年５月２０日は、「合意に際し賃借人が事実上土地賃貸借を解約する意思を有していると認められるに足りる合理的客観的理由があり、しかも他に右合意を不当とする事情の認められないかぎり許されないものではなく、借地法１１条に該当するものではない。」としています。
一般的に、一代限りの借地契約の合意については、借地法１１条に反し、無効とアドバイスすることが多いですが、判例上は、上記の二要件に該当する場合には、合意の効力も認められるとしています。ただ、その二要件に該当する事例が少ないということです。

そこで、本件でも、その二要件に該当するか否かを検討することになります。
本件では、借地人に身寄りがないとのことで、相続財産管理人が選任されているようですが、身寄りがないのであれば、その人限りで解約する意思を有していたとしてもおかしくはありませんし、また、真に相続人が存在しないのであれば、客観的合理的理由があるともいえます。
そのため、かかる合意の効力が直ちに無効となるものではないでしょう。

仮に、合意が無効であるとしても、相続財産の処分、この場合は、借地権付き建物の譲渡ですが、この金額については、家庭裁判所の許可をとれれば良いので、直ちに、相続財産管理人の言値で買わなければならないということもありません。要は、その金額にしたことについて、裁判所が納得してくれれば良いのです。

質問事項に記載のある限りでの回答となりますし、具体的事件により解決策は様々ですので、参考までにしていただきたいですが、アドバイスとしては以上となります。
頑張って交渉してみてください。