関係はありますが・・・

waff建築設計室、早乙女と申します。

F35Sというのはフラット35Sのことと推測しご返答いたします。
フラット35Sの技術基準として以下の項目を満たしていないといけません。

１：省エネルギー対策等級４の住宅
２：耐震等級（構造躯体の倒壊等防止）２以上の住宅
３：高齢者等配慮対策等級３以上の住宅
４：劣化対策等級３、かつ、維持管理対策等級２以上の住宅（

外壁通気工法は上記の４に当たると考えられます。

外壁通気工法とは
サイディング等の外壁材と柱等（正確には柱や間柱などの上に貼られている透湿シート）
の間に空気層を設けることにより壁内部の湿気を外部に流す工法です。
通常、よく使われている外壁材（サイディング等）の場合はこの工法で施工されています。
おそらく最初からその分の見積りは入っているとは思いますが・・・
少し特殊なものの場合は使わないケースもあります。
（等設計事務所ではガルバリウム鋼板の縦ハゼ葺きというものを外壁に使ったときは
　　ゆがみ防止のために使わなかったことはあります。）

上記通り確かに外壁通気工法出なければフラット35Sの仕様にはなりませんが
木造であるのでしたらほとんどの住宅はこの工法を使っている為
後から発生したとは考えるのは難しいと思います。
しかし、前回の見積りを見ない限りはっきりといえませんが、
業者が外壁通気工法の金額を見ていなかったといえばそうとるしかない場合もあります。
その業者が実際建てた住宅を従兄弟の設計士さんと見学すれば通常施工しているかは判断できるとは思いますが、これも確証は出来ません。

どちらかというと多分上部項目１の省エネルギー等級４を満たす為に
断熱材や窓もしくはブラインドなどの増額のほうが増えると思います。

一度業者の設計士とフラット35S仕様とは何なのかを分かりやすく説明してもらえれば
業者がどこまで理解しているか、増額はどこなのかがはっきりするのではないでしょうか？