試験期間、瑕疵期間(保証期間)について

有限会社アスタウンディングの田苗と申します。

納入にあたり、以下のような流れで試験と保証を行うことが多いです。
業者側試験→発注者側受入試験→検収→保証期間
業者側で納品が終わったときに、受け入れ試験はなされましたでしょうか？ここで、受け
入れ試験を行っていないと「受け入れたじゃないか」と水掛け論になることがあります。

大部分の場合、受け入れ試験で大小の不具合・認識違いが見つかり修正を行います。
それでも、見つからないような、あるパタンでないと出現しない障害の場合は、瑕疵期間（または保証期間）に発生したら、修正を行います。
瑕疵期間が過ぎたものは、「改修」という考えになっていると思います。

業者側の保守費用は確かに高額と思われます。
現段階で出来ます助言としましては、
１　御社内でシステムの不具合を洗い出す
２　不具合が設計書に書かれている挙動と異なる挙動であるかどうか、項目ごとに確認してください。
（設計書であいまいである場合は、双方の責任と思ってください）
３　開発会社様と、上記で挙げた不具合について、どちらに責任があるものかを、対面で確認してください。
４　根本的な対応を行うといくらでどれだけの期間かかるか、確認してください。
場合によっては、保守価格が安価になるかもしれません。
　　その際、瑕疵期間の確認も行ってください。
５　そこで、新たに発注して修正するか、どうか決めてください。
６　修正してもらったら検収前に御社内で確認してください。問題がなければ、そこで検収完了してください。
７　その後は、開発会社に新たに保守契約について検討するか、ソースコードを入手して別会社に委託するかを検討してください。

長々と書かせていただきましたが、完了後、単発的に問題修正していてもいいことはあり
ません。
まずは御社内で不具合の一覧を挙げる作業が先決かと思います。