天窓の増設では、雨漏りにご注意下さい。

世間しらずさん、はじめまして。セットアップの今野と申します。

補足欄の最後の部分「・・・建てるときの勉強不足です。反省してます。」の言葉が
建てられた、工務店さんや設計者の方がどうとらえられているか、胸が痛みます。
設計者として、少しでもお役に立てばと思い、解答いたします。

天窓や強化硝子を使い1Ｆのダイニングやリビングに自然光を取り入れたいということで
まず、強化硝子に「乳白色しかない」ということはありません。透明もあります、
強化硝子にされたいのは、その上を人が通るからということかと思いますがいかがでしょうか？
人が通る場所でしたら下記のようなノンスリップで合わせなっている物をお勧めいたします。
http://www.e-glass.jp/nonslip.html
透明ではなく乳白色を工務店さんがおすすめしたのは、床に透明硝子ですと、女性の方のスカートの中が見えたり、寝室などのプライベートな部分を考慮してかと思います。
私の意見としては、透明強化硝子を使うのをお勧めいたします、
施工後、プライベート上の問題がありましたら、強化硝子の下面にタペ加工風のフィルムを
貼るのはどうでしょうか？
http://eco-bic.co.jp/mekakushi.html
又、取付可能かどうかありますが、目隠しには天窓用のブラインドもありますので、
透明をお勧めいたします。

天窓の下の強化ガラスを入れる位置は、真下でいいのでしょうか？北にずらした方がいいのでしょうか？
これは、申し訳ありませんが、ご質問内容では判断できない状況です。具体的な日差しや内部構造（梁の位置など）を考慮する必要がありますので。

最後に、天窓の増設工事では、雨漏りにご注意下さい。