希望の家を得るために施主が気をつけるべき点は？

真剣に建て替えを考えている専業主婦です。主人は定年退職間近。２６歳の息子と将来同居可能な住まいを考えて居ります。
２６年前に在来工法３８坪住宅。１０年前に２５坪山荘を建てましたが、反省が多いです。

条件付土地で建てた自宅の建築後２年ほどで風呂内の給湯スイッチが故障（洗面室からのスイッチは操作可能）、工務店に申し入れたところ、在庫のないスイッチを取り寄せねばならず、その後、工事しても、直らない。おまけに洗面室からの操作も出来なくなり、夏場、幼い子供２人いて、我慢できずに直接別のメーカーに依頼。電話の翌日施工。風呂釜から取替え。その夜から使えるようになりました。全額自費です。
原因や責任の所在については思うこともありますが、ご近所のことですし、煩わしさは極力避けたいので対決はしませんでした。でも、かなり工務店さんが！気分を害されたようでした！！
尚、同じ風呂釜が六軒についていて４軒が同じ位の時期で壊れ、付け替えた風呂釜・スイッチは今も快適に使えています。
また、床以外、そのままの木を使っているため柱や、窓枠・床・敷居・階段・扉の色がバラバラで、今ではもう慣れてしまいましたが、新築当時非常にショックでした。

山荘においては、内装・出窓や風呂の窓の高さなどが設計段階で頼んだのと違ってしまい、大きくちがったものは、やり直してもらいましたが、数センチのところは我慢しました。でも、ベンチを兼ねた出窓が４ｃｍ高いと非常に使いにくいです。

今回人生で最後の家つくりとなります。
設計時に入念に打ち合わせをして私たちのこだわりのある部分をしっかりお伝えすることの大切さはもちろんですが、私達では把握できない専門的な部分もあります。

権利云々ももちろんですが、感情面も含めてイザゴザの少なく、希望する家つくりをするには施主はどんな点に気をつけたらいいのでしょうか？