容積率は、地域規制と道路巾によって制限されています

理由は非常に簡単なケアレスミスだと思います。
ケアレスミスとはいっても、とても重大な問題に発展する可能性もあるのですが。

容積率の規制というのは2つの縛りがあります。
一つは地域による規制、そしてもう一つは道路巾による規制です。
お尋ねの件ですと、
地域による規制は300%なのですが、
道路巾による　(道路巾:単位m)×　0.6　=(容積率)
という規制が適用され、多分道路巾が4mだった所を、
確認申請提出時に見落としたものだろうと想像されます。

ただ、この件については、貴殿が、土地を購入される前の、重要事項説明書にも、
240%と記載されているはずです。
重要事項説明に300%と書かれていれば、土地の最も重要な事項について誤解に基づく契約を
行ったといえ、その点だけで契約解除も行えるほど重大な間違いです。

>先日、建売り一戸建てを更地の段階で購入しました。

という文面を見て少しおかしいと思うことがあります。
建売住宅の場合は、確認申請が下りないと、
正確にはその建物の大きさや価格が担保されないため、
確認申請後でないと、価格を明示して広告や販売はできないことになっています。
(土地と建物とが別々の契約なら問題はありません。)
建売業者さんが、お客様の囲い込みに躍起になり
多少、フライイング気味で、契約をしようとしたと想像されます。

容積率の間違いにしても、フライイング気味の契約にしても、
少し遵法精神に欠けているというか、法律的な知識が少ないというか、
この件だけで、問題あるとは言い過ぎかもしれませんが、
ちょっと心配であることは確かです。
とりあえず、これから建物が建つ事でもありますので、
現場に足繁く通い、建物をちゃんと確認することを、お勧めします。
住宅で、最も重大で取り返しのつかない瑕疵は、地盤沈下です。
特に、地盤の状況、地盤が悪ければその地盤を改良する方法などは
念入りにチェックすべきだと思います。