工務店側が是正する義務はあると思います。

こんにちは。
中山秀樹建築デザイン事務所の中山と申します。

本文拝見いたしました。
階段の高さはちょっと低いですね。
近頃では身長１８０ｃｍは珍しくありませんので当たってしまいますね。
階段上部の高さの規定は法律にはないので、設計する側の判断によるのですが、
私の場合はどんなに厳しくても最低２．１ｍは確保するようにしています。
たとえ身長が当たらなくても心理的に首を傾げてしまう階段では勝手が悪いからです。
ですから、花咲か兄さんさんの階段ですと目の前に梁が迫ってくるような
イメージですね。ちょっと不便だと思います。

改善方法ですが、
構造的な検討は前提として、
梁と上げる、梁を小さくする、という手法で改善は可能です。
その際には施工範囲の床と天井は剥がすことになるので工事は結構大掛かりです。
でもそれ以上に深刻な問題ですからここは無理してでも対処したほうがよろしいでしょう。

解決策のご提案ですが、
今回の一件、和室の下がり天井も含めて設計側もしくは施工側のミスと思いますが、
どちらも建築基準法違反ではないことをお含みおきください。
ですから、役所などへ駈込んでも対応しきれないと思います。
そこで、信頼のおける建築士や第三者の調査機関に判断を仰いだほうがよろしいかと思います。
天井高を回避できるはずであった材料を持って工務店にあたったほうが話が早いと思います。

「回避できるはずであった材料」とは、
建物の構造は木造とお察ししますが、であればプレカット図と言って
構造材を加工するための図面が存在します。
そこには、構造体のサイズ、材種等すべてが記載されています。
これは、建てる前の最終チェック図と言ってもいいでしょう。
部屋の天井高がとれるか？ユニットバスや階段、サッシ、ドア等が構造体に当たらないか？
などを最終的に確認するものです。
その時に階段上部の検討が漏れたのだと思います。
建物を拝見しておりませんので断言できませんが、このチェックの段階で階段上部の梁高は
どうにでもなったはずです。
この「検討の漏れがあった」がその材料です。
工務店側に言い訳の余地を与えないことが、法律外の事象で瑕疵を認めさせる要因です。
工務店側が都合よく丸め込めない材料ということですね。
また、工務店との交渉の際には第三者の専門家を同行させたほうがよろしいかと思います。

安心できる住まいに治ると良いですね。
幸運を祈っております。