販売店に確認してみて下さい。

ご質問ありがとうございます。

シャープの太陽光発電の施工には施工ＩＤが必須となっており、ＩＤを持っている施工店で工事をしているのでしたら工事保証がでるはずです。

太陽光発電システムを購入したときの１０年保証書を確認してみて下さい。

金属屋根の場合はビス止めが基本ですのでビス止めをしているからと言って悪い訳ではありません。
強風が吹くと浮力が太陽光パネルにかかりますのである程度の引抜強度が要求されます。
メーカーの方で何度も試算し防水施工になっておりますので一般的には問題がないかと思います。
また現在陶器瓦を葺くときも原則釘止めしていますので、穴＝雨漏りと言うわけではありません重要なのは雨じまいがしっかりされているかです。
最近経済産業省による急速な値下げ政策により、経営困難な業者や儲け主義の素人激安店などで手抜き工事が急増しています。これに対し国土交通省では警笛を慣らし第三者機関の検査を薦めています。ですので施工店選びには注意は必要です。

穴を開けない工法（架台）はセキノ産工業とカナメと言う会社が販売をしております。
しかし、引抜が板金瓦に掛かってしまうので板金瓦の強度を考えて葺く必要があります。
また太陽光発電システムメーカーの施工ＩＤ（研修）以外にも架台メーカーのＩＤ（研修）も必要になりますので一般的な販売店ではなかなか工事が出来ません。
雨漏りリスクは大幅に減少しますがやはり強度を出すために金具数が増えるので若干工事代が高くなってしまいます。

シャープが直接工事をすることはほとんどありません。メーカーにもよりますが指定工事店やＦＣ店、登録店に委託されます。

明らかに太陽光発電システムの工事が原因の不具合は太陽光発電システムの販売会社でそれ以外の家の保証は従来通りのはずです。

余談ですが今回のケースはシャープですがほとんどのメーカーでは製品保証しかしていません。（サンテック、パワーコムソーラーなど一部のメーカーを除く）
ですので施工店が工事の賠償責任保険や生産物賠償保険などに加入しているか確認した方が良いです。保険を掛けていない施工店は少なくありませんので口答ではなく書面で確認されることをお勧めします。