会社のミスで扶養控除がはずれてしまいました

私は都内の小さな会社でﾊﾟｰﾄ勤務している主婦です。
扶養控除内での勤務をお願いしており、ずっと長年そのようにしていただいてました。
本日、夫の会社の給料関係の部署から夫に電話があり、「税務署から私が103万円を超えて働いているのにもかかわらず、扶養控除の申請がされているままである」との指摘をされました。扶養も本日はずされ、去年1年分と今年の1月から本日までの税金（所得税や住民税）を追徴課税されたうえに、夫の会社が支給していた扶養手当などを返納しなければいけなくなりました。
私の去年1年間の給料は111万203円です。私の会社側に問い合わせたところ、「自分で調整しないのがいけない」と言われました。私は扶養控除内での勤務をお願いして、会社側も了承し、約9年間その会社で扶養控除内で働かせて頂いていました。「時給が毎年わずかながら増えていたことが原因だろう」と会社側に言われました。まさか時給が増えたからといって、当初の約束である扶養控除を超えるとは夢にも思っていませんでした。
夫の年収は約1400万円ですが、住宅ローンや教育費などで消えていくため余裕のある生活は送っていません。さらに、最近私が乳がんであると診断されたため、これから高額の医療費がかかることは確実です。
そんななか、追徴課税や手当の返納、さらに扶養がはずれたため夫の給料のこれから減額も確定し、余裕のある資金がないため頭を抱えてしまっています。
私の勤め先の会社にまったく非はないといえるのでしょうか。いまだ謝罪の一言ももらっていません。7万円ほどオーバーしたために、何十万もの損害を受けることになります。ﾊﾟｰﾄの勤務管理をちゃんとしていなかった会社に賠償責任はないのでしょうか。
泣き寝入りするしかないのかと困っています。なにか良いアドバイスをよろしくお願い致します。