建て替えをお勧めします。

文面をお読みする限り、
建物維持には今後も大規模な修繕等が必要と推測され、
すでに築後40年以上経過しており、耐震性やアスベストなどにも問題があるため
現実的には建替えを前提に計画を練られたほうがよいと思います。

現状、一室当り3.5万円前後の収益だと思いますが、
書かれているようなリフォームや大規模修繕は
収益性から言っても得策ではありません。

相続された物件ということですので、
建替える場合の担保余力は十分と思われ
金融機関の融資も受けやすいと思います。

ただ、建替えを検討する場合は、
建物規模、収支予測などを十分練る必要があります。


問題は立退きの進め方ですが、
これについては賃借人と交渉し立退料を支払って出て行っていただくか、
自発的な退去を待つかしか方法はありません。

テナントが一店舗だけですし住居部分も半数が退去しているので、
立退き交渉の難易度は高くありません。
また現在の賃料から推測するとそれほど高額の立ち退き料総額にはならないとは思いますが、
入居者の内容(特にテナント業態)などを吟味した上で
検討する必要があります。

自発的退去を待つ場合は、日常生活に支障の無い最低限度の修繕を行い、
また家賃収入を得るため、
内装費をそれほどかけずに賃貸募集が出来る部屋は、
定期借家契約で貸していく方法をとります。
ただ、最終的に残る数戸については、
いずれにしても立退き交渉が発生すると思います。

売却という方法もありますが、
購入するのは、現実的には建替えを前提とした不動産会社だけだと思います。
その場合は、かなり安く売却せざるを得ません。
(立退きの難易度が低いと予想されるので購入する不動産会社はあると思います。)

身近に信頼置ける不動産コンサルタントの方がいらっしゃれば、
一度ご相談されたらいかがでしょうか。