責任と権限のバランスが重要です。

独立されるとのことで、まずはおめでとうございます。
将来のビジョンや目標をしっかりとたて、永続的に事業から利益を生み出していけるよう、頑張っていただきたいと思います。

独立に際して、開業するときの手間や費用、税金面等を勘案しますと、bifu様の仰る通り、比較的売上が低い創業当初は個人事業で開業し、その後、売上が大きくなった段階で法人化するというのが得策といえます。

今回のように、創業時から株式会社として開業する場合は、個人事業主に比べると信用力が高く、資金を集めやすいといったメリットがあります。
しかし、株主であるA会社の社長の意向がある程度反映されますので、事業内容や事業展開が制約され、経営の独自性が失われてしまう可能性があります。
A会社がB会社に対してどこまで権限を有するのかが重要なポイントです。
この点を事前に十分に話し合って決めておくべきでしょう。

また、A会社としてはこの先、ホールディングスとしてこのような流れを作りたい意向とのことですが、持ち株会社の場合、一般的には、経理や給与計算、システムサポートなどの間接業務を持ち株会社が受託し、子会社は生産や販売などの本業に集中させているケースが多いようです。

いずれにせよ、A会社がどのような機能を有し、子会社に対してどの程度権限を有するのかのバランスが、非常に重要といえます。但し、企業風土や事業特性、業界動向などによって、ベストな状態は異なります。A会社の社長がどのような会社にしたいのか、将来のビジョンによって、最適なバランスを決め、企業グループ全体の競争力を高めることが、持ち株会社を創る目的です。
この点をふまえて、じっくり話し合われることをお勧めいたします。

ご成功を心よりお祈りいたします。