敷地内の高低差について

新築で戸建て住宅を建てました。前面道路とはほぼフラットな土地となっております。費用の関係から車庫の一部をコンクリート土間から砕石敷にしたのですが、砕石敷の方が一段低くなってしまいました。また、水勾配？が取られておらず、雨水が道路の方にも流れていきません。現在は道路に面した庭の部分が一番高く砕石敷の部分が一番低いのですが、道路よりも低いと思います。
さらに、土壌の関係もあるとは思いますが、建物の周りにある3カ所の雨水升から雨水が溢れても、排水されずに溜まったままになります。
家を建てる前、基礎を作る前に、敷地のどこを1番高くして、雨が降ったらどちら側に流して、ということは考えないのでしょうか？砕石敷のところは、上にコンクリートを入れなかったために低くなったと思われ、明らかに土を削りすぎたのではないかと思うのです。
先日の大雨の際も、道路側溝から溢れた雨水が敷地全体を水没させ、あわや床上浸水するところでしたが、基礎の高さなど問題ないのか不安です。
事前の地盤調査により、5〜7メーターくらい粘性土となっていて、地盤は硬いのですが、水はけは悪いことはわかっていたのに、砕石を撒いて浸透させようという計画そのものが妥当ではなかったと思います。その砕石も粒の大きいものではなく、コンクリートの下に敷くようなもので、さらに上から転圧？してあるのです。
業者は直すと言っていますが、質問としては、このようなことは、住んでみないと分からないことなのか、あるいは、これらを見越してそうならないように事前に計画して然るべきと思うのですが、いかがでしょうか。