土地・家屋の持分比率について

ご夫婦で自宅購入の際に持分をどうしたらいいか、また思わぬ税負担が発生する場合があります。
考え方としては、資金=持分が原則的な考えです。今回のケースでは購入価格が6,000万円、このうちご主人の負担が4,000万円、奥様が2,000万円となります。
従いまして、土地と建物のそれぞれの持分はどうあれ、奥様は2,000万円の部分までしか持分を持つことはできません。もしも奥様が土地と建物の半分の持分を持つ場合はご主人から1,000万円の贈与を受けたこととなります。(贈与税が約230万円発生)
今回のケースで奥様は土地を半分所有(3,500万円×1/2=1,750万円)となり、建物については2,500万円の残り資金250万円を充当することとなりますので、建物は1/10の持分となります。この形であれば資金=持分となりますので税負担は発生しません。
ただし、気になるのは土地の購入に際してご主人の名義のローンを充当しているということは資金=持分とならないため、たとえ夫婦間であっても資金の移動(奥様からご主人に1,750万円)を行い、土地の所有部分の代金を精算したことを証明できるようにして下さい。
なお、住宅借入金控除につきましては、その借入金が土地のみである場合には適用を受けられません。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1225_qa.htm#q3
建物の新築に係る借入金があるかどうか金融機関にご確認いただいたほうがいいと思います。