消費税と所得税の違い

個人事業として配送業を営まれているとのことですね。ガソリン代の高騰に頭が痛いことだと思います。
まず、売上は総額で計上しなければなりませんので、入金と支払が同額であっても、委託した外注分の入金も売上になります。
2年前の課税売上額が1000万円未満であれば、消費税は免税になるので消費税の申告は不要ですが、所得税は申告しなければいけません。この時の課税売上高は、売上総額になりますので、手元に残った金額ではなく、入金した総額の売上で1000万円を超えているかどうかで判定して下さい。
1000万円の判定は消費税だけのことなので、住民税や国保には何の関係もありません。昨年は住民税や国保が大幅に上がったと思いますが、所得税の減税と住民税の増税がセットになった改正が行われたためでした。
昨年の申告をされていないとのことですが、今からでも構わないので、早急に申告をして下さい。延滞税は銀行金利の3〜8倍にもなりますから、お急ぎ下さい。ただ、無申告加算税が課される可能性はあります。税務署の調査は3年分をさかのぼって調査しますので、調査が入る前に対応されることをお薦め致します。調査が入ってからでは、わざと無申告であったとされて、重加算税を課される危険性もあります。
個人事業なので、法人と比べれば調査の可能性は低いですが、無申告となれば、調査の可能性が格段に高くなりますのでご注意下さい。
もし過去の分が払いすぎになっていた場合であれば、更正の請求の手続をとる必要がありますが、法定申告期限から1年間しか請求できないことになっていますから、還付請求ができない可能性が高いですね。1年を超えてしまっている場合には、その事情を嘆願書に書いて税務署長にお願いしてみるしかないでしょう。