回答いろいろと

ハッピーバードさんこんにちは。
さて、お悩みの内容ですが、確かに注文住宅を考えたときは、なにをどうすればよいのかよくわからないですよね。
建売住宅は実際にあるものを見て選べるわけですし、値段も簡単です。しかし、簡単であるがゆえにその内訳が適正かどうかは不明ですが･･･。

注文住宅は、大きく分けて2種類あります。
ハウスメーカーに依頼する方法と、設計事務所に依頼する方法。

まず、ハウスメーカーは、家を自分たちでつくります（実際は下請けがやる場合もあります）。実際の建物を商品として売っているのがハウスメーカーです。
利点は、建売同様すべてを一括でやってくれるので面倒くさくないこと。欠点は、工法や素材はハウスメーカーが提供するものを使わなければならないことですね。

一方設計事務所は、自分たちでは家をつくりません。図面がまとまった段階で、建設してもらう会社に見積もりを取らせてまとめます。つまり、建主と工務店の間に立って、全体をコントロールします。
利点は工法や素材にとらわれない自由な選択が可能です。設計事務所は建築に対する考え方が豊富で、おそらくご自身のイメージ以上のものを提案してもらえるでしょう。もうひとつは、第三者的な立場で工事を監理できることです。
欠点は、建主さんにとって面倒だということです。一括でオールＯＫではないですから、いろいろと関わる場面が増えます。
「この家がほしい」だったら、ハウスメーカー。
「この人と家が建てたい」だったら設計事務所。
かな？

ザックリとしすぎててすみません。実際は、もっと色々と複雑です。