トップコートではなく、、、、

大変、ご心配のことと思います。が同時に少し楽観的過ぎないかとの懸念もいたします。
私も建築家としてこのような例を聞いたことがなく、専門メーカーに問い合わせ、私の経験とも照らし合わせ考えてみました。

ただし、私が詳しい状況を直接知り得た場合でも専門業者と綿密に協働しないと解決できないくらい防水工事は非常に専門的な技量と経験を要するものです。解決の方向性は示唆できると思いますが、このような応答ではとても対処できるものではありませんし、責任を持った回答はできないことをご承知おきください。

ウレタン防水の場合、紫外線などによって黄変し、硬化してしまうためトップコートは不可欠です。しかも、アクリル塗装で5年、シリコンで10年程度でやり替える必要があります。ただ、トップコートがなくてもドロドロにはならないと思います。

「雨水等により塗料がどろどろになっており、」というのがどういう状態かわかりませんが、ウレタン防水を硬化させないまま、トップコートをかけてしまったということが考えられます。この場合はウレタン防水をやり直す必要があります。

また、ウレタン防水の上に断熱ブロックなどを載せるのは厳禁です。しかも、雨水がたまってしまう場合には水と反応し、劣化し、ふやけてしまうようです。元の防水材がアスファルトだとすると、それと反応していることも考えられます。

「屋上の断熱ブロックがない部分はトップコートが塗られていない・・・」ならば前者の問題が起きているのではないかと考えられますし、
「屋上の断熱ブロックがある部分はトップコートが塗られていない・・・」の間違いであるならば、後者の問題が起きているのではないかとも考えられます。

いずれにしましても、すぐに専門家に直接相談されることをお勧めします。防水工事自体は工務店が行うのではなく、その下請けで専門の防水業者が行っていますので、工務店側にも知らせるべきだと思います。工務店は発注者に対して責任を負いますが、同時に工務店は下請けの専門業者に責任を負わせていますのでできるだけ早く連絡してあげた方がいいのではないかと感じます。