CSSレイアウトはDreamweaver 8以降を推奨

率直結論からいいますとCSSレイアウトはDreamweaver 8以降を推奨します。

Dreamweaver MX 2004以前でCSSレイアウトをする不適格な大きな理由は以下となります。

1. Dreameweaver MX2004以前のデザインビューで表示されているデザインのレイアウトはプレビュー時と大きく異なり、プレビューを頻繁チェックしながら作業を行う必要があり作業効率が悪い。(DW 8以降だとデザインビューで表示されるレイアウトとプレビューはほぼ同じように表示される。ブラウザによって異なる場合があるのでCSSの設定に注意)

2. CSSレイアウトで必要不可欠な[div]タグのボックス表示がDreameweaver MX2004以前のデザインビューで表示されないためビジュアル的(直感的)にわからないためどこにどういったブロック要素を入れているのかわからない。
(DW 8以降のものだと[div]タグを入れると[div]タグの領域が点線で表示される。またそのほかのブロック要素だとビジュアル的に表示されないが各要素をCSSのプロパティで[display:block;]にしてあげると点線で表示されます。)

3. 2.でどこに[div]タグなどの要素がビジュアル的にわからないためデザインビューでコピー&ペーストなどの作業ができないため効率が悪くなります。

Web2.0が普及しだしたときに発売されあたのがDreamweaver 8です。
そのためWeb標準であるCSSを利用したレイアウトが重視されそれを主として開発されたのがDreamweaver 8だと思います。CSSの操作性及びビジュアル表示がグンっと改善されました。
昔私もDreamweaver MX 2004でCSSレイアウトしたことがありますがとても難しくDreamweaver 8が発売されたらすぐに乗り換えました。
ご存知のとおり現最新バージョンはCS3ですので一度CS3の体験版をインストールして違いを確かめてみるのもいいと思います。