いくつか問題点を整理しましょう

こんにちは　ハイハイママンさん。

ファイナンシャルプランナーの若宮光司です。

専業主婦なのにハイハイママンさん名義の預金があるのは何故ですか?
ご主人の収入からへそくりで貯めていたのであれば贈与とされて贈与税が科せられる場合があります。専業主婦になる前の仕事で貯めていたお金とか相続でもらったお金とか正規な贈与手続きを経てご両親からもらったお金であればその心配はいりません。

住宅借入金等特別控除は、本来は土地ではなく住宅(建物)の借入に対する税額控除ですから土地が親の名義であってもかまいません。
ハイハイママンさんもすでに理解しているように最初の手続きは確定申告が必要となりますが、その際の提出添付資料として土地の登記事項証明書は必要ありません。
必要な添付資料は、
1.住宅借入金等特別控除額の計算明細書(税務署に用紙があります)
2.住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書(金融機関から発行されています)
3.控除を受ける者の住民票の写し
4.家屋の登記事項証明書、請負契約書、売買契約書などで新築年月日、新築請負工事の代金、家屋の床面積を明らかにする書類又は写し(コピー)

取得価格は、基本は建築工事請負契約書で明らかにしますが、追加工事等によって実際の支払額が契約書と違うケースはよくある話です。
実際の支払額によって計算されますので建築請負契約書との差異を明らかにする『追加工事の契約書』とその領収証などの提出によって証明してください。

親の土地を借りていることになりますが、地代は払わない(固定資産税の負担はOK)使用貸借とすることが普通です。ただしこの場合、土地の相続評価は上に建物が立っていないとする更地評価となります。
地代の授受がある土地の借地契約となると土地の評価は貸地として下がりますが、借地権の扱いが出て税金負担が生じますので慎重な検討が必要です。