車に乗せると吠えまくります・・・

クレートトレーニングは、ハウスという指示で嫌がらずにクレートに入り、飼い主が出すまで大人しく待機できることです（成犬なら８時間〜10時間）。

状況によって吠えてしまう場合は、掛け布をかけた状態で、ということも出来る必要があります。

「殆ど克服出来てる状態だと思っていますが････」とありますが、その当たりのことはどうなのでしょう？

もし、出来ていないのなら、まずしっかりとトレーニングをなされることです。

車以外は完璧であれば、車に慣らすだけです。

車内の音を録音し、犬をクレートに待機させ、掛け布をかけ家の中でその音に慣らすことです。
慣らしには上手にフードやコングを使います。

次に、掛け布をかけた状態で、外に連れて行くことです。

それも大丈夫になったら、車のドアを開け、乗せずに締めます。

それに慣れたら、車に乗り込みすぐにおります。
さらに、車内にとどまる時間を長くしていきます。

エンジンをかける音にもいきなりではなく、録音し車内で
ボリュームを下げた状態から慣らすことです。
ボリュームが実際の音と同じレベルに出来たら、実際にエンジンをかけることです。
車は動かさずにアイドリング状態に慣らします。

それに慣れたら数メートル車を動かします。
その動かす距離を伸ばしていきます。

どこかで吠えるのであれば、その直前の慣らしを完璧にすることと、吠える段階での刺激のレベルを下げることです。
掛け布は常に必要です。

段階を追って慣らすのであれば、以上のようになります。

とは言っても、フードやコングをどのタイミングで使うかなど、文章だけでのアドバイスでは難しいのが実際のところです。

ぜひ、単発ではないしつけ教室などに通われて、専門家からの直接のアドバイスをお受けになることです。