投資助言・代理業を登録する場合の供託金について

会社が保有する資金をどのように運用するのかは会社の経営判断に基づくものですので、
資金を供託金として投資することも当然できます。

この質問は、おそらく資本金についての誤解からくるものだと思います。
会社の財産を会計的にみますと、こうなります。
プラスの財産として、現在保有している資金や固定資産等を、資産といいます。
マイナスの財産として、将来誰かに返済又は支払わなければならない借入金や買掛金等を、負債といいます。
会社の実質的な財産価値は、プラスの財産である資産からマイナスの財産である負債を引いた額になりますが、これを資本といいます。会社を設立するときに銀行に一旦預入れ、残高証明を取って頂いたと思いますが、会社の設立のために集められた出資持分のことを資本金といい、会社を設立した時点では、資産と資本金は同額になります。ただし、出資持分を株式という証券にしていますので、株式の券面額と出資額が異なる場合があり、異なる場合には、券面額を資本金、差額を剰余金とすることができるので、その場合には、資産額と、資本金と剰余金の合計額が同額になります。
資本金は出資持分ですので、会社が設立されたときに集めた資金という意味になり、儲かっていれば資本は資本金額を上回っていきますが、赤字続きであれば資本は資本金額を下回っていきます。
資本金にはその程度の意味しかないと考えて頂いた方が分かりやすいと思います。(学術的には意味がありますが)
つまり、資本金として最初に出資してもらった資金を会社に残さなければいけないことはなく、会社が保有する資金の運用の結果が資本になると考えて下さい。

ご質問のケースでは、
プラスの財産である資金が減って、プラスの財産である供託金が増えることになるのです。