勤務中の事故、修理代について

先月、知人がトラックを運転中に、止まっていたクレーン車にぶつけてしまいました。クレーンの部分が道路にはみ出していたそうです。クレーン車に人は乗っておらず車両も大丈夫そうでしたが、知人の運転していたトラックは助手席の窓が割れドアも凹み修理確定でした。クレーン車の運転手の方は居なかったのですが、別の方が警察に連絡しないでいいと言い、知人がその旨会社に連絡すると届けず帰ってくるように言われたそうです。
知人のトラックはリース車で保険は未加入のようです。修理代金の話は出なかったのですが。。
知人が勤めている会社は最初に聞いてた条件が違う事、歩合性だけどその内訳をちゃんと教えてくれない事もあり、事故の後すぐだったんですが退職をしました。すると自社のトラックの修理代90万円の内、2ヶ月弱の給料(多分46万円ほどだそうです)を差し押さえられました。会社は「修理代はこれからの給料から差し引くつもりだった、信用を取り戻せたらチャラにしてもいい」とのことでしたが知人は退職しました。その際、「不服なら労働局に言ってもいいけど払うつもりはない、修理代としてもらう」と言われ給料未払状態です。
最初の契約書とかは特にありません。なので事故時の負担額についての話もなかったのです。警察に届けていないので事故の割合はわかりませんが、この場合、個人が修理代を半分も負担しなければならないのでしょうか？
また、労働局には給料未払いは違法だから未払いの申告をすればいいと言われましたが、申告したら払ってもらえるものですか？裁判してまでもらっても裁判費用がかかるし、例え給料を払ってもらえても修理代の請求が今より増えるなら意味がないし。。と迷っています。

よろしくお願い致します。