回答させていただきます。

　ご質問内容だけでは、経緯背景等が不明確な点ありますので、一部推測や一般的な話しとして説明させて頂きます。

1.　名義預金とならないかという点

　名義預金に該当するか判断するためには、まず、ご夫婦の収入から推測される財産形成の具合を見ます。例えば、奥さまが専業主婦であり収入がないにも関わらず、高額の預貯金をされていれば名義預金ではないかと疑いを持たれます。
　ご質問のケースでは、共働きで手取りが同じくらいであり、また、生活費はご主人が負担されていたということであります。そうであれば、奥さまが３，３００万円の金融資産を形成されるのは可能であると思いますし、夫婦それぞれの金融資産に差が出ている事も説明がつくと思います。
　ただし、「妻の名義で定期預金や投資信託の購入を行っていた。」という点で、例えばご主人さまの収入の一部を奥さま名義の定期預金等に入れていた、または、生活費として奥さまにお渡ししていたお金の残りを奥さま名義の定期預金等に入れていたということがありますと、これは名義預金とされる可能性があります。

2.　非課税範囲内で妻に贈与という点

　バランスを取りその後贈与を行うことの妥当性については、特に、バランスをとる必要性について判断をいたしかねます。というのも、上述したように、合理的な理由で財産に差がつくこともあるからです。
　なお、非課税範囲での贈与の場合でも、贈与契約書は作成し、口座から口座へお金を動かしお金の動きが明確に分かるようにしておいた方が良いと思います。また、その贈与契約書に公証人役場の確定日付をしておくのも一つです。

3.　通帳への記帳をしていない時期等もあり、ごちゃごちゃになってしまっている点

　こちらは、金融機関に問い合わせれば過年度分の口座移動の確認はある程度出来るかと思います。ただ、現在のご年齢から考えると取り急ぎは、今後のお金の流れをしっかりと残しておくということで良いのではないでしょうか。例えば記帳した預金通帳の動き一つ一つに手書きでどういった内容かの備忘記録を残していく等です。

　また、仮にご主人さまと奥さまのお二人の家族とすると平成２７年以降の基礎控除が３，６００万円となりますが、配偶者が相続人となる場合は１億６千万円までの遺産には相続税がかかりませんので、ご参考下さい。