2ヶ月のチワワですが・・・

まだ2ヶ月なら、寂しくて「クゥーン、クン」言っちゃうんでしょうね。

布をかぶせて対処されているということですが、とても良いと思います。
ただ、布をかぶせても効果が出ていないということは、その状態でも「クゥーン、クン」言えば何かしら反応があるとワンちゃんが感じていて、諦めがついていないのだと思います。

犬がクンクン言ったり要求吠えしたりするのは、そうすれば飼い主さんが必ず反応するからです。
ですから、これらを止めさせるには反応しないこと、つまり無視することです。

もしかしたら、今はカバーをしていても完全に無視しきれていないのかもしれません。
“無視をする”ということは、「犬が無視されている」と感じるようにすることです。
ちなみに、飼い主さんが無視をしているつもりでも犬が「無視されている」と感じていないことがよくあります(^_^;)

まずカバーをしたら一切声をかけたりせず、なきやむまで放っておくことように心がけてください。
(ワンちゃんによっては30分〜1時間近く諦めずに「クンクン」言う場合もあります)

そして、''なき止んだらカバーを外すようにしてください。''

「クンクン言ったらカバーをされてしまう」「静かにしたらカバーが取れる」と教えてください。

どんな犬も鳴いたり吠えたりするものです。
マンションですと些細ななき声も気になってしまうと思いますが、教えるまでの辛抱です。
あまり気にし過ぎないようにして、なき止むまで放っておくようにがんばってみてください。