サブドメイン、サブディレクトリ登録可能です。

エムシーエス株式会社　三井と申します。

検索エンジンの登録ですが、大手Yahoo他ございます。
効果としては、Yahoo　クロスレコメンド　Jエントリーが大きいと思われます。
登録時にコストがかかり、登録後は一切費用はかかりません。

検索エンジンに登録と言うことは、当然バックリンクを得ることが目的の一つかと思います。
ただ、最近SEOにおいて、バックリンクの有効性が問われております。

特に近年、グーグルのバックリンク評価が厳しくなるにつれ、単にリンクを張るだけでは十分な効果が期待できなくなっております。
''最近は、特にgoogleにて、バックリンクよりもサイト内部の要素を重要視している傾向。''

それでもバックリンクの影響は少なからずあります。
下記のサイトで行っておりますサービスは、安価に自信で、多くの検索サイトに登録が出来るASPサービスです。弊社でもOEMでこのサービスを提供しております。
http://www.unfinished.jp/

下記は、同じ会社ですが、登録代行サービスになります。
http://premium.unfinished.jp/submit/

ただ、バックリンクを人為的に増やすことによって、自身の、またはお客様のウェブサイトがペナルティーを受けてしまっては取り返しの付かないことになってしまいます。
時間がかかるかもしれませんが、バックリンクの強化はグーグルガイドラインに従って行うことが最もよい選択だといわれております。

Google ウェブマスター向けガイドラインを見る限り、GoogleはSEO目的の相互リンクが全て違反だと言っているわけではなく、過剰な相互リンクプログラムが違反だと言っていると考えられます。

自サイトと無関係のサイトや品質の低いサイトへのリンクはnofollowを利用することを昨今推奨しております。
あくまで物理的なリンクではないことを明示するということで。