雷を怖がる

お答えが遅くなってしまいましたが、アドバイスさせていただきます。

クレートから逃げようとして歯を折ってしまったなんて、かわいそうですね・・・。
花火やサイレンなどは練習用のCDなどで慣れさせることができるんですが、雷は音だけでなく気圧や湿度などの変化も影響しているので、CDなどで慣れさせることが難しいんです。

一般的に、Kurichanさんのワンちゃんほど恐怖心を抱いていない場合の対処は、ガムやおもちゃを与えたりトレーニングをしたりして、他の事に気をそらしてしまう方法を取ります。
なので、(あまり効果は期待できないかもしれませんが)とりあえず雷が鳴りそうになったら大好きな食べ物を使ってトレーニングをしてみてください。
また、もし外で飼っていらっしゃる場合は室内に入れてください。

とにかくどんな方法でも良いので気をそらすようにして、「雷がなっても何も恐ろしいことは起こらない」と教えてあげるようにしてください。

現在は獣医さんからお薬を処方してもらっているとのことですが、あまり効果がでないようであればフラワーレメディやホメオパシーなどをトライしてみるのも良いかもしれません。
フラワーレメディやホメオパシーを処方してもらえる病院もあるので、通える範囲で探してみてください。
※通える距離でなくても、一度直接見てもらうと後は電話などで処方してもらえる所もあるので、東京エリアでも検索してみてください。

“恐怖心”という問題は、どんなケースでも改善させるのに時間がかかります。
まずはワンちゃんが逃げ出したりケガをしたりしないように気をつけて、焦らず取り組んでください。
Kurichanさんもつらいと思いますが、根気よくがんばってください。