一般的な提出書類のようですが？！

iamkb１２２４様、はじめまして。行政書士の柴崎と申します。

詳細が分かりませんので、一般的なお話で失礼します。

iamkb１２２４様が、入国管理局から追加提出を要請されている書類は一般的なものだと思います。給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表は新しく導入されたものですし、登記簿謄本、決算報告書（貸借対照表、損益計算書）、外国人従業員リストも求められます。

ただ、今回はすでに御社で働いている方が更新するのですから、御社に勤める前の会社での退職証明を要請されているという点は不明です。
今回の申請対象の方が、御社に転職されたときに退職証明は提出されているのではないでしょうか？
補足にある「前の勤務先は倒産した」という事情であれば、転職手続き当時に何らかの書類を提出して退職証明が無い、というやりとりが入国管理局とあったのではないでしょうか。
そのあたりの経緯に関して確認する必要があると思います。

もちろん入国管理局の対応に疑問があれば、直接出頭して話を聞くことができるかもしれません。iamkb１２２４様は、今回の申請対象者の雇い主という責任ある立場ですから。


また、退職証明がない場合は、なぜ退職証明がないかという理由書を添付し、説明する必要があります。
登記簿謄本に関してですが、法人であれば、会社の謄本が必要です。
また事務所に関しての使用権限を確認するために、テナントとして使用しているのであれば、貸主との賃貸借契約書やその不動産の謄本を添付することもあります。
外国人従業員リストは、パートも含んだものです。

最後に入国管理局の在留資格更新許可申請書の所属機関等の部分に関して、どうしても社外に出せない情報というのはどういう点なのか分かりませんが、これに関しては決められたものですので、記入せざるを得ません。

以上、お役に立てれば幸いでございます。
詳細については個別にご相談ください。