文面を拝見し、会社として相手を信頼できないことが多々あったことは理解できますが、まず、該当の方に労災の手続きをしたと言うことなので、これで現在も休業中ならば「業務上傷病の療養による休業期間及びその後30日間は解雇してはならない」という解雇制限がありますので復職して一定期間が経過しない限り解雇はできません。仮に懲戒解雇であっても、この制限に含まれます。

　次に残業代については、裁量労働であったり管理監督者扱いでないならば、労働時間に見合った残業代は支給しなければなりません。支給していた営業手当が何時間分の残業代に相当するのかにより、それを上回る残業時間数分は支給しなければならないと思われます。雇用契約書があったとしても、それを根拠に残業代を払わないことはできません。

　最後に懲戒解雇について、解雇になる懲戒事由が就業規則にどう規定されているかにもよりますが、ここに書かれた内容だけでは難しいと思います。しいて言えば情報漏洩ということですが、これも会社の経営に直接大きな影響を及ぼすと、客観的に認められる必要があると思います。

　それ以外の点、1.については、うつ病は知的障害ではないですし、残業代の請求は労働者の行為としては正当ですので、感情としてはわかりますが基本的に相手に非はありません。3.についても感情は理解しますが、事例が積み重ならないと懲戒解雇まで結びつけるのは難しいと思います。
　相手の方の行動を見ていると、それなりの知識がある人のアドバイスを受けているようにも思えますので、会社としてはあまり感情的な対応は避けた方が良いように思います。

　今のところできることとすれば、退職勧奨をしてそれに応じてもらうくらいしかないのではないかと思います。